Majoritetseier av Småkraft er APG, som er et av Europas største pensjonsfond. Utover dette er eierne et tysk forsikringsselskap, samt fond som forvaltes av investeringsselskapet Aquila Capital.
Aquila Capital koordinerer eiernes oppfølgning av selskapet. Eierskapet er langsiktig, og sikrer stabilitet for Småkraft og dets øvrige interessenter.